Была такая проблема, в точности как ты пишешь. В Exchange проблемы нет, он у нас "супер" автоматизированый и как младенец ниче не понимает.
А рыть на самом деле надо AD и сам сервак, потому как не запускаются сервисы, и поэтому не пашет POP3 и SMTP. Лечил я вроде (плохо уже помню) переустановкой сервака и AD и при установке всего внимательно смотри чтоб не было ни одного глюка или непонятки. Все должно быть идеально гладко.
P.S. Законы Мерфи.
Если Вам кажется, что Вы все сделали правильно, то не радуйтесь, проверьте проделанную работу с самого начала, даю гарантию, Вы где-то ошиблись. И еще, если Вы думаете, что все очень плохо, Вы ошибаетесь, на самом деле все гораздо хуже.